W działalności administracyjnej i kontrolnej Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Sejnach prowadzone są rejestry lub ewidencje, w tym:

1. Rejestr  zarządzeń  Państwowego Powiatowego Inspektora Sanitarnego w Sejnach;
2. Rejestr skarg;
3. Rejestr wydawanych upoważnień i pełnomocnictw;
4. Rejestr upoważnień do nakładania grzywien w drodze mandatu karnego;
5. Rejestr decyzji płatniczych;
6. Rejestr należności z tytułu nałożonych grzywien;
7. Rejestr szkoleń wewnętrznych;
8. Wykaz szkoleń zewnętrznych;
9. Inne rejestry i ewidencje - w zależności od bieżących potrzeb w działalności danej komórki organizacyjnej.

Dostęp do danych w rejestrach jest ograniczony dla klienta zewnętrznego PSSE.

Zarządzanie danym rejestrem podlega ustalonej procedurze w zakresie zachowania poufności i ochrony praw własności klienta, a także polityce bezpieczeństwa danych osobowych w Stacji.

W Stacji znajduje się archiwum zakładowe (składnica akt), prowadzone na podstawie Instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwum zakładowego.